国务院2003年10月13日发布关于改革现行出口退税机制的决定，决定强调，按照“新账不欠，老账要还，完善机制，共同负担，推动改革，促进发展”的原则，对历史上欠退税款由中央财政负责偿还，确保改革后不再发生新欠，同时建立中央、地方共同负担的出口退税新机制。决定明确了改革的具体内容。

1、适当降低出口退税率。

2、加大中央财政对出口退税的支持力度，从2003年起中央进口环节增值税、消费税收入增量首先用于出口退税。

3、建立中央和地方共同负担出口退税的新机制。从2004年起，以2003年出口退税实退指标为基数，对超基数部分的应退税额，由中央和地方按75：25的比例共同负担。

4、推进外贸体制改革，调整出口产品结构。通过完善法律保障机制等，加快推进生产企业自营出口，积极引导外贸出口代理制发展，降低出口成本，进一步提升我国商品的国际竞争力。

同时结合调整出口退税率，促进出口产品结构优化，提高出口整体效益。五是累计欠退税由中央财政负担。对截至2003年底累计欠企业的出口退税款和按增值税分享体制影响地方的财政收入，全部由中央财政负担。其中，对欠企业的出口退税款，中央财政从2004年起采取全额贴息等办法予以解决。

新的出口退税机制有效地化解退税不及时的难题，截至2004年11月20日，全国累计办理2004年出口货物退(免)税1669亿元人民币，2003年12月31日以前的出口退税老账已全部还清，2004年已经办理出口退税申报的企业基本都可以在年底前拿到退税款，应该说新政策比较好地解决了长期大量的历史遗留欠退税的问题，实现了短期政策调整目标，无论是从地方政府还是外贸企业，对此的反映都是积极的，总体上都给予了肯定的评价。

出口退税新机制在运行中出现了一些新情况和新问题，主要是地方负担不均衡，部分地区负担较重，个别地方甚至限制外购产品出口、限制引进出口型外资项目等。为此2005年8月国务院发布《国务院关于完善中央与地方出口退税负担机制的通知》。《通知》指出，在坚持中央与地方共同负担出口退税的前提下完善现有机制，并自2005年1月1日起执行。

1、调整中央与地方出口退税分担比例，国务院批准核定的各地出口退税基数不变，超基数部分中央与地方按照92.5：7.5的比例共同负担。

2、规范地方出口退税分担办法，各省(区、市)根据实际情况，自行制定省以下出口退税分担办法，但不得将出口退税负担分解到乡镇和企业;不得采取限制外购产品出口等干预外贸正常发展的措施。所属市县出口退税负担不均衡等问题，由省级财政统筹解决。

3、改进出口退税退库方式，出口退税改由中央统一退库，相应取消中央对地方的出口退税基数返还，地方负担部分年终专项上解。

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